De Stichting Katholiek Onderwijs Bernardus Alfrink (SKOBA) kent per januari 2011 een nieuwe bestuurlijke structuur. Sinds die datum werkt SKOBA met een College van Bestuur en een Raad van Toezicht.
| Voorzitter College van Bestuur | mr.drs. Loek van Noort |
| Voorzitter Raad van Toezicht | Peter van Steekelenburg |
| Leden van de Raad van Toezicht | Inge van der Zwet Martijn van Es Tom Selij MMS ir. Herald Zwartkruis Frans Wevers MBA |
Alle directeuren vormen tezamen het directieberaad waaraan ook de voorzitter van het College van Bestuur deelneemt. Naast hun integrale verantwoordelijkheid voor de eigen school hebben zij ook een bovenschoolse taak die gestalte krijgt in diverse werkgroepen. Deze werkgroepen bereiden beleid voor, adviseren de voorzitter van het College van Bestuur daarover en dragen zorg voor nadere uitwerking.
BestuursbureauHet bestuursbureau van SKOBA valt direct onder de verantwoordelijkheid valt van de voorzitter van het College van Bestuur. De medewerkers van het bestuursbureau ondersteunen de voorzitter van het College van Bestuur, de Raad van Toezicht, de schooldirecteuren en de werkgroepen van de schooldirecteuren.
| Secretariaat | Anneke Saltzmann |
| Beleidsmedewerker Algemene Zaken | Wim van den Heijkant |
| Beleidsmedewerker Personele Zaken | Saskia van Duijn |
| Interne controller | Vera de Ruiter |
| Bovenschoolse IT-coördinator | Corné van Loon |